La apirasa psNTP9 asociada a la cromatina de guisante funciona como una proteína reguladora unida al ADN en levaduras y Arabidopsis
Autores: Wang, Huan; Slocum, Robert D.; Cai, Xingbo; Clark, Greg; Roux, Stanley J.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2025
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Apirasa de guisante
PsNTP9
PsNTP9-DM
Ensayos de ChIP-seq
Genes de Arabidopsis
Ensayos de desplazamiento por movilidad electroforética
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 12
Citaciones: Sin citaciones
Como se informó en trabajos anteriores, cuando una apirasa de guisante, psNTP9 (PS), y una versión modificada de la misma, psNTP9-DM (DM), se expresan en , se localizan en los núcleos, uniéndose a regiones promotoras de la cromatina que en gran medida no se superponen. Las levaduras que expresan PS y DM también exhiben diferentes perfiles de expresión para genes objetivo potencialmente regulados, consistente con los fenotipos observados. En el presente estudio, utilizamos ensayos de ChIP-seq para mostrar que PS y DM también se asocian con regiones promotoras en gran medida diferentes de los genes de Arabidopsis, con perfiles de expresión no superpuestos similares para los genes objetivo potenciales. Estudios funcionales, utilizando ensayos de desplazamiento por movilidad electroforética (EMSA), verificaron la unión específica de PS a sitios de unión de promotores de levaduras o plantas. La unión de DM tanto a dsDNA heterólogo como a secuencias de sitios de unión específicos de PS fue mínima. La modelización de AlphaFold3 de la unión de la proteína PS a una secuencia de promotor de levadura identificó posibles residuos de unión al ADN y un posible motivo de sitio de unión (5-(G/T)GG(G/T)A-3) que también está presente en dos sitios de unión de promotores de Arabidopsis. Estos nuevos hallazgos amplían las funciones previamente conocidas de PS y otras apirasas vegetales en el Golgi o la matriz extracelular, y apoyan su posible función como proteínas que se unen al ADN y que pueden regular la expresión génica tanto en levaduras como en Arabidopsis.
Descripción
Como se informó en trabajos anteriores, cuando una apirasa de guisante, psNTP9 (PS), y una versión modificada de la misma, psNTP9-DM (DM), se expresan en , se localizan en los núcleos, uniéndose a regiones promotoras de la cromatina que en gran medida no se superponen. Las levaduras que expresan PS y DM también exhiben diferentes perfiles de expresión para genes objetivo potencialmente regulados, consistente con los fenotipos observados. En el presente estudio, utilizamos ensayos de ChIP-seq para mostrar que PS y DM también se asocian con regiones promotoras en gran medida diferentes de los genes de Arabidopsis, con perfiles de expresión no superpuestos similares para los genes objetivo potenciales. Estudios funcionales, utilizando ensayos de desplazamiento por movilidad electroforética (EMSA), verificaron la unión específica de PS a sitios de unión de promotores de levaduras o plantas. La unión de DM tanto a dsDNA heterólogo como a secuencias de sitios de unión específicos de PS fue mínima. La modelización de AlphaFold3 de la unión de la proteína PS a una secuencia de promotor de levadura identificó posibles residuos de unión al ADN y un posible motivo de sitio de unión (5-(G/T)GG(G/T)A-3) que también está presente en dos sitios de unión de promotores de Arabidopsis. Estos nuevos hallazgos amplían las funciones previamente conocidas de PS y otras apirasas vegetales en el Golgi o la matriz extracelular, y apoyan su posible función como proteínas que se unen al ADN y que pueden regular la expresión génica tanto en levaduras como en Arabidopsis.