Las frutas amazónicas son valoradas por su rica composición fitoquímica, sin embargo, existen datos limitados para las especies en Colombia. Este estudio tuvo como objetivo caracterizar los perfiles de flavonoides y ácidos fenólicos de açaí, mirití y cupuassu de Vaupés, Colombia. Se utilizaron cromatografía líquida acoplada con espectrometría de masas de triple cuadrupolo (LC-QqQ-MS) y LC-QTOF-MS para identificar y cuantificar compuestos bioactivos en muestras de pulpa de fruta. Se detectaron un total de 14 flavonoides y 23 derivados de ácidos fenólicos. El açaí mostró el mayor contenido total de flavonoides, particularmente para la catequina (4.86 ug/g). El mirití mostró las mayores concentraciones de ácidos fenólicos, siendo el ácido 4-hidroxibenzoico y el ácido ferúlico los compuestos dominantes. Se confirmó la presencia de cianidina-glucósido en la especie açaí, pero no en mirití o cupuassu. En comparación con informes internacionales, las muestras colombianas presentaron generalmente concentraciones más bajas, probablemente debido a diferencias genotípicas, ambientales y metodológicas. Estos hallazgos contribuyen al perfil fitoquímico de frutas amazónicas subrepresentadas y apoyan su potencial para aplicaciones en alimentos funcionales y nutracéuticos. Se recomiendan estudios adicionales para evaluar la biodisponibilidad y los efectos promotores de salud de estos compuestos.