Los crecimientos de cianobacterias son procesos que ocurren de forma natural en ecosistemas acuáticos eutróficos. Además, como resultado del cambio climático y la contaminación antropogénica, las floraciones algales nocivas de cianobacterias (CyanoHABs) están expandiéndose a nivel mundial. Se considera que las CyanoHABs representan una amenaza para la salud humana y el medio ambiente debido a la producción de sustancias tóxicas potentes, pero al mismo tiempo, se pueden obtener productos valiosos de estos microorganismos. El objetivo principal de este estudio fue probar métodos sencillos y rentables para reducir el contenido de toxinas de la biomasa cianobacterial para la explotación de este importante recurso biológico. Para llevar a cabo este estudio, se sometieron a los siguientes tratamientos biomasa liofilizada o hidratada de cepas productoras de microcistina-LR (MC-LR) y cilindrospermopsina (CYN): (1) térmico (50 grados C); (2) radiación ultravioleta (UV); (3) ozono; y (4) luz solar, durante períodos que variaron entre 2 y 12 h. Las concentraciones de MC-LR y CYN se cuantificaron mediante LC-MS y se compararon entre grupos experimentales. Los resultados muestran una reducción significativa en la cantidad de MC-LR en la biomasa (liofilizada e hidratada) expuesta a la luz solar. Dado que ningún otro tratamiento redujo MC-LR en la biomasa, se demostró que esta molécula es muy estable. En cuanto a CYN, la concentración de esta toxina en la biomasa se redujo significativamente con la exposición a la radiación UV, aproximadamente un 51% de la concentración inicial después de 2 h de exposición; una reducción del 86% después de 5 h de exposición; y una reducción del 77% después de 12 h de exposición. En general, este estudio demuestra que la toxicidad de la biomasa cianobacterial puede reducirse mediante tratamientos ecológicos y rentables con luz solar y radiación UV.