La captura de conformación de cromosomas de alto rendimiento (Hi-C) se utiliza ampliamente para la construcción de andamiajes en ensamblajes de novo porque produce genomas altamente contiguos, pero su enfoque estadístico indirecto puede introducir errores de conexión. Empleamos el mapeo óptico (Bionano Genomics) como una tecnología de andamiaje ortogonal para evaluar la solidez estructural de los andamiajes reconstruidos por Hi-C. Se utilizaron mapas ópticos para evaluar la corrección de cinco ensamblajes de genomas de novo basados en secuenciación de lecturas largas para la generación de contigs y Hi-C para el andamiaje. Se encontraron cientos de inconsistencias entre las reconstrucciones generadas utilizando los enfoques de Hi-C y mapeo óptico. La inspección manual, aprovechando los datos de secuenciación de lecturas largas en bruto y los mapas ópticos, confirmó que varios de estos conflictos se derivaron de errores de unión de Hi-C. Tales errores de unión fueron generalizados, involucraron la conexión de contigs tanto pequeños como grandes, e incluso se superpusieron a genes anotados. Concluimos que la integración de datos de mapeo óptico después, y no antes, del andamiaje basado en Hi-C, mejora la calidad del ensamblaje y limita los errores de reconstrucción al resaltar errores de unión que pueden ser sometidos a una investigación adicional.