Los fototropinas (PHOTs) son receptores de luz azul en plantas que median procesos fisiológicos cruciales como el fototropismo, el movimiento de cloroplastos, la apertura estomática y la floración. Sin embargo, los genes de esta familia siguen siendo poco caracterizados en el pimiento. Aquí, identificamos y clonamos molecularmente dos genes en pimiento, que fueron clasificados filogenéticamente en grupos distintos con sus homólogos de arroz, maíz, tomate y otros. Estos genes exhiben estructuras genéticas conservadas, lo que implica una conservación funcional durante la evolución. El análisis de localización subcelular confirmó que tanto CaPHOT1 como CaPHOT2 están localizados en la membrana plasmática. El perfil de expresión reveló que ambos genes se expresaron en todos los tejidos, con los transcriptos más altos en las hojas y los más bajos en las raíces. Notablemente, los datos de RNA-seq revelaron que la expresión de uno de los genes fue regulada al alza por JA y SA, mientras que el otro no mostró cambios significativos. Además, los dos genes mostraron patrones de expresión divergentes tras la infección (PCI). Además, la sobreexpresión transitoria de uno de los genes en pimiento aumentó la susceptibilidad a PCI, lo que indica su papel negativo en la resistencia a enfermedades. Nuestros hallazgos identificaron la familia de genes en pimiento y demostraron funcionalmente que uno de ellos regula negativamente la resistencia a PCI, proporcionando así información para futuras investigaciones sobre este tema en otras especies de plantas.