La ARN polimerasa II (Pol II) ha demostrado participar en varios procesos biológicos en las plantas, pero su función en respuesta al estrés abiótico en el algodón sigue siendo poco clara. Este estudio tuvo como objetivo elucidar el papel de la tercera subunidad más grande de Pol II (NRPB3) en la respuesta del algodón al estrés por sequía y sal a través de métodos de biología molecular y fisiológicos. Se utilizó PCR cuantitativa en tiempo real para analizar el patrón de expresión en raíces, tallos, hojas y cotiledones y para detectar cambios en su expresión bajo tratamientos de sequía, NaCl y ABA. Utilizando la tecnología de silenciamiento génico inducido por virus (VIGS), se obtuvieron plantas silenciadas, y se midieron sus indicadores fisiológicos bajo estrés por sequía y sal, así como los niveles de expresión de los genes relacionados con el estrés por sequía. Este estudio reveló que se expresa ampliamente en raíces, tallos, hojas y cotiledones y que su expresión se induce significativamente por tratamientos de sequía, NaCl y ABA. En comparación con las plantas tipo salvaje, la resistencia a la sequía, la tasa de supervivencia y la actividad de la peroxidasa de las plantas silenciadas aumentaron significativamente, mientras que el contenido de malondialdehído disminuyó significativamente. Además, los niveles de expresión de los genes responsivos a la sequía aumentaron significativamente. La tolerancia a la sal de las plantas silenciadas también aumentó, como se refleja en la disminución del marchitamiento de las hojas y los aumentos significativos en los parámetros de crecimiento de las raíces (incluyendo la longitud de la raíz, el área de la raíz y el volumen de la raíz). Estos resultados indican que desempeña un papel crucial en la mediación de la adaptación del algodón al estrés por sequía y sal al regular la expresión de genes relacionados con el estrés.