Los microARNs (miARNs) son ARN pequeños no codificantes que desempeñan roles cruciales en el desarrollo de las plantas y en las respuestas al estrés, y pueden regular las interacciones de las plantas con microorganismos beneficiosos del suelo, como los hongos micorrízicos arbusculares (HMA). Para determinar si la inoculación de raíces con distintas especies de HMA afectaba la expresión de miARN en vides sometidas a altas temperaturas, se realizó un análisis de RNA-seq en hojas de vides inoculadas con HMA y expuestas a un tratamiento de alta temperatura (HTT) de 40 grados Celsius durante 4 horas al día durante una semana. Nuestros resultados mostraron que la inoculación micorrízica resultó en una mejor respuesta fisiológica de la planta al HTT. Entre los 195 miARNs identificados, 83 fueron considerados isomiRs, lo que sugiere que los isomiRs pueden ser funcionales biológicamente en las plantas. El número de miARNs expresados diferencialmente entre temperaturas fue mayor en plantas micorrízicas (28) que en plantas no inoculadas (17). Varios miembros de la familia miR396, que tienen como objetivo las proteínas de la caja homeobox-leucina, solo se regulaban al alza por HTT en plantas micorrízicas. Los objetivos predichos de los miARNs inducidos por HTT en plantas micorrízicas consultados en STRING DB formaron redes para el complejo Cox, y factores de transcripción relacionados con el crecimiento y el estrés, como las proteínas similares a las que se unen al promotor SQUAMOSA, las proteínas de la caja homeobox-leucina y los receptores de auxina. Se encontró un clúster adicional relacionado con la ADN polimerasa en plantas inoculadas. Los resultados presentados aquí proporcionan nuevas perspectivas sobre la regulación de miARN en vides micorrízicas bajo estrés térmico y pueden ser la base para estudios funcionales de las interacciones planta-HMA-estrés.