La regulación de la vía de los fenilpropanoides es crítica para el desarrollo y la defensa de las plantas. Esta investigación investiga el control transcripcional de seis homólogos de genes identificados en el genoma de la morera. Se empleó un pipeline in silico integral para analizar la arquitectura del promotor de estos genes. Utilizando la suite MEME, identificamos tres motivos conservados estadísticamente significativos dentro de la región de 2000 pb aguas arriba. La posterior predicción de unión de factores de transcripción (TF) con FootprintDB para estos motivos implicó a las familias TCP, NAC, AP2/ERF, B3 y BBR-BPC como posibles reguladores. Un análisis paralelo con PlantRegMap destacó una alta densidad de sitios de unión para las familias BBR-BPC y AP2/ERF en las regiones centrales del promotor. Un análisis comparativo mostró una correlación débil entre las bases de datos, subrayando la necesidad de un enfoque predictivo multifacético. El perfil transcriptómico bajo condiciones inducidas por quitosano validó nuestro marco in silico, sugiriendo la participación de estas familias de TF. Específicamente, los datos apoyan a NAC083 como un posible activador transcripcional y sugieren una función represora para los miembros de las familias AP2/ERF y BBR-BPC, proporcionando un modelo de regulación robusto y respaldado experimentalmente.