El caimán chino, que se encuentra únicamente en una pequeña región en el sureste de la provincia de Anhui, está catalogado como en peligro crítico (CR) por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN) debido a su actual tendencia de disminución poblacional. Cualquier anomalía en las propiedades físicas de un huevo puede disminuir la tasa de incubación. En particular, las cáscaras de huevo juegan un papel esencial en el desarrollo del embrión, lo que nos motiva a analizar las microestructuras de las cáscaras de huevo de los caimanes chinos. En este estudio, categorizamos las cáscaras de huevo en dos grupos, basándonos en las tasas de incubación, y analizamos la relación entre los parámetros de la cáscara de huevo (grosor de la cáscara, contenido de calcio y número de poros en los cráteres de erosión) y la tasa de incubación, así como las relaciones entre los parámetros de la cáscara de huevo. Encontramos que las cáscaras de los huevos con altas tasas de incubación eran más gruesas que las de los huevos con bajas tasas de incubación. También había menos poros en los cráteres de erosión en las superficies de los huevos con altas tasas de incubación que en las superficies de los huevos con bajas tasas de incubación. Además, el contenido de Ca en la cáscara era significativamente mayor en los huevos con altas tasas de incubación que en los huevos con bajas tasas de incubación. La modelización por clúster indicó que la tasa de incubación más alta se producía cuando el grosor de la cáscara de huevo era de 200-380 um y había de 1 a 12 poros. Estos resultados sugieren que los huevos con contenidos adecuados de Ca, cáscaras más gruesas y menor permeabilidad al aire tienen más probabilidades de incubarse. Además, nuestros hallazgos pueden informar futuros estudios, que serán vitales para la supervivencia de la especie de caimán chino en peligro crítico.