La creciente evidencia sugiere funciones fisiológicas y patológicas de los microbiomas pulmonar e intestinal en diversas patologías. Los datos epidemiológicos y experimentales asocian la exposición a la contaminación del aire con disbiosis microbiana en los pulmones y el intestino. La contaminación del aire, a través del aumento de la generación de especies reactivas de oxígeno, la interrupción de la integridad de la barrera epitelial y la inflamación sistémica, modula el desequilibrio microbiano. El equilibrio del microbioma es crucial para regular la inflamación y las vías metabólicas para mantener la salud. Se propone que la disbiosis del microbioma es un mecanismo potencial para la modulación de trastornos pulmonares y sistémicos inducida por la contaminación del aire. Los enfoques terapéuticos basados en el microbioma están ganando cada vez más atención y podrían tener un valor añadido en la promoción de la salud pulmonar. Esta revisión resume y discute las alteraciones del microbioma mediadas por la contaminación del aire en los pulmones y el intestino en humanos y ratones, y elabora sobre su papel en la salud y la enfermedad. Discutimos y resumimos la literatura actual, destacamos los mecanismos importantes que conducen a la disbiosis microbiana y elaboramos sobre las vías que potencialmente vinculan los microbiomas pulmonar e intestinal en el contexto de las exposiciones ambientales. Finalmente, discutimos el eje pulmón-hígado-intestino y sus posibles implicaciones patofisiológicas en las patologías mediadas por la contaminación del aire a través de la disbiosis microbiana.