Las culturas de raíces peludas inducidas por () proporcionan un enfoque sostenible para satisfacer la creciente demanda de compuestos derivados de plantas de valor económico frente a la disminución de los recursos naturales. Estas culturas exhiben un crecimiento rápido, independiente de hormonas y estabilidad genética, lo que las hace viables para producir compuestos bioactivos, metabolitos especializados de plantas y proteínas recombinantes. Sin embargo, persisten desafíos en la optimización de la producción a gran escala, la mejora de la eficiencia de los biorreactores y el aumento de la síntesis de metabolitos en diferentes especies de plantas. Esta revisión aborda estos desafíos explorando los mecanismos detrás de la inducción de culturas de raíces peludas, sus aplicaciones en ingeniería genética y metabólica, y su potencial en la remediación ambiental. La revisión también destaca los avances recientes en biotecnología e ilustra cómo el sistema de raíces peludas puede satisfacer de manera sostenible las necesidades industriales, farmacéuticas y agrícolas. Además, al señalar áreas de investigación esenciales como la optimización de las condiciones de cultivo, el aumento de los rendimientos de metabolitos y la ampliación de la producción, este trabajo refuerza la importancia de las culturas de raíces peludas para satisfacer la demanda de productos de alto valor mientras se asegura una utilización sostenible de los recursos. En particular, la integración de sistemas de raíces peludas con herramientas genómicas avanzadas como la transcriptómica y la tecnología CRISPR tiene un inmenso potencial para acelerar la ingeniería metabólica específica de rutas, mejorar el flujo biosintético y expandir sus aplicaciones en agricultura sostenible e innovación farmacéutica. Se espera que esta convergencia genere un valor económico sustancial al optimizar la producción de compuestos bioactivos de alto valor, mejorar la resiliencia de los cultivos y facilitar la medicina de precisión. El trabajo futuro que involucre biología de sistemas y biología sintética será fundamental para desbloquear funciones novedosas y asegurar un despliegue más amplio de culturas de raíces peludas en plataformas biotecnológicas industriales.