Los metales pesados pueden acumularse y migrar en los suelos, afectando negativamente a los cultivos y a los consumidores. Debido a que se puede observar un aumento en la incidencia de enfermedades crónicas, la seguridad alimentaria se ha convertido en una preocupación de alta prioridad. En el presente trabajo, evaluamos el impacto de los metales pesados en los compuestos bioactivos y el contenido elemental de las cebollas. Las plantas se cultivaron en ausencia y presencia de diversas concentraciones de sales de metales pesados (Pb, Mn, Cu, Zn, Ni y Cd). La influencia de las sales de metales pesados en las cebollas se evaluó analizando el contenido de compuestos bioactivos, la capacidad antioxidante y el contenido elemental. La variación de los pigmentos asimilatorios, el contenido total de polifenoles y la capacidad antioxidante aumentaron o disminuyeron dependiendo del metal pesado añadido al suelo, así como de la cantidad añadida. En cuanto a la cantidad de compuestos bioactivos, aumentó entre un 6.79 y un 34.39% o disminuyó entre un 4.68 y un 62.42%. Se reportó el contenido de diez elementos en las plantas, así como la correlación mutua elemental y la correlación del contenido de elementos con compuestos biológicamente activos y la capacidad antioxidante.