Reducción analítica de redes metabólicas no lineales teniendo en cuenta la dinámica en las reacciones enzimáticas.
Autores: Lpez Zazueta, Claudia; Bernard, Olivier; Gouz, Jean-Luc
Idioma: Inglés
Editor: Hindawi
Año: 2018
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Licencia
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Citaciones: Sin citaciones
La modelización metabólica ha sido particularmente eficiente para entender las condiciones que afectan el metabolismo de un organismo. Pero hasta ahora, los modelos metabólicos han considerado principalmente situaciones estáticas, asumiendo un crecimiento equilibrado. Algunos organismos siempre están lejos del equilibrio, y la modelización metabólica debe tener en cuenta sus dinámicas. Esto lleva a modelos de alta dimensionalidad en los que los flujos metabólicos ya no son constantes, sino que varían dependiendo de las concentraciones intracelulares. Estos modelos metabólicos deben reducirse y simplificarse para que puedan ser calibrados y analizados. Reducir estos modelos de gran dimensión a un modelo de menor dimensión es muy desafiante, especialmente cuando se trata de tasas metabólicas no lineales. Aquí proponemos un enfoque riguroso para reducir modelos metabólicos utilizando la reducción de estado cuasi-estacionario basada en el teorema de Tikhonov, con un error de reducción caracterizado y acotado. Asumimos que la red metabó
Descripción
La modelización metabólica ha sido particularmente eficiente para entender las condiciones que afectan el metabolismo de un organismo. Pero hasta ahora, los modelos metabólicos han considerado principalmente situaciones estáticas, asumiendo un crecimiento equilibrado. Algunos organismos siempre están lejos del equilibrio, y la modelización metabólica debe tener en cuenta sus dinámicas. Esto lleva a modelos de alta dimensionalidad en los que los flujos metabólicos ya no son constantes, sino que varían dependiendo de las concentraciones intracelulares. Estos modelos metabólicos deben reducirse y simplificarse para que puedan ser calibrados y analizados. Reducir estos modelos de gran dimensión a un modelo de menor dimensión es muy desafiante, especialmente cuando se trata de tasas metabólicas no lineales. Aquí proponemos un enfoque riguroso para reducir modelos metabólicos utilizando la reducción de estado cuasi-estacionario basada en el teorema de Tikhonov, con un error de reducción caracterizado y acotado. Asumimos que la red metabó