Los patógenos son ubicuos y principalmente asociados con enfermedades en las plantas. Son objeto de gran preocupación económica en la agricultura debido a las pérdidas de cultivos por la contaminación de granos de cereal con micotoxinas. Las especies también son consideradas agentes de infecciones micóticas en humanos y animales, teniendo un amplio espectro de manifestaciones clínicas en pacientes inmunocomprometidos. Los fitopatógenos infectan una amplia variedad de plantas y causan síntomas que van desde el crecimiento atrofiado, la descomposición de frutas o semillas, el amarilleo y marchitez de las hojas y cánceres hasta la descomposición de raíces o tallos. La identificación de estos hongos es difícil debido a su tendencia pleomórfica y a la presencia de cepas homotálicas y heterotálicas en la misma especie, y también es difícil identificarlos a nivel de especie debido a la variación entre aislados. Sin embargo, las herramientas moleculares hasta ahora han sido muy poderosas en la identificación de especies y filogenia, ya que la gran diversidad del género ha obligado a los científicos a revisar continuamente los taxones anteriores. En su mayoría, las enfermedades son difíciles de controlar, ya que los hongos superan fácilmente la resistencia del huésped a varios métodos de control. Presentamos un resumen de la investigación reciente sobre hongos, sus efectos adversos y sus impactos en la seguridad alimentaria. Además, elucidamos varios métodos para identificarlos para fomentar la tan necesaria investigación sobre el manejo integrado de este contaminante alimentario inevitable para lograr una seguridad alimentaria global sostenible.