La combustión del combustible de aviación emite una mezcla compleja de contaminantes vinculados a resultados adversos para la salud entre el personal del aeropuerto y las comunidades cercanas. Si bien los estudios epidemiológicos mostraron los efectos perjudiciales de los contaminantes del aire derivados de la aviación en la salud humana, los mecanismos moleculares de las interacciones de estos contaminantes con biomoléculas celulares como las proteínas que impulsan los efectos adversos para la salud siguen siendo poco comprendidos. En este estudio, realizamos simulaciones de acoplamiento molecular de 272 complejos contaminante-proteína utilizando AutoDock Vina 1.2.7 para caracterizar la fuerza de unión de los contaminantes con las proteínas seleccionadas. Seleccionamos 34 contaminantes derivados de la aviación que constituyen tres categorías químicas de contaminantes: compuestos orgánicos volátiles (COV), hidrocarburos policíclicos aromáticos (HAP) y ésteres de organofosfato (EOP). Cada contaminante se acopló a ocho proteínas que desempeñan roles críticos en funciones endocrinas, metabólicas, de transporte y neurofisiológicas, donde la interrupción funcional está implicada en enfermedades. Se analizó el efecto de la unión de múltiples contaminantes. Nuestros resultados indican que los COV alifáticos y monoaromáticos muestran bajas afinidades de unión (7 kcal/mol). Además, la fuerza de unión de los HAP exhibe una correlación positiva con el número creciente de anillos aromáticos en los contaminantes, que varía desde casi 7 kcal/mol para dos anillos aromáticos hasta más de 15 kcal/mol para cinco anillos aromáticos. El análisis de las interacciones intermoleculares mostró que estas interacciones están predominantemente estabilizadas por interacciones hidrofóbicas, apilamiento pi y enlaces de hidrógeno. El acoplamiento simultáneo de múltiples contaminantes reveló el aumento de la fuerza de unión de los complejos resultantes, destacando el efecto perjudicial de la exposición a mezclas de contaminantes encontradas en el aire ambiente cerca de los aeropuertos. Proporcionamos una lista de prioridades de contaminantes que las autoridades regulatorias pueden utilizar para desarrollar estrategias de mitigación específicas para proteger al personal y las comunidades vulnerables cerca de los aeropuertos.