La secuenciación de ARN es un método de secuenciación de alto rendimiento esencial para la detección y caracterización imparcial de virus de plantas conocidos y emergentes. Su alta sensibilidad lo hace particularmente adecuado para identificar secuencias virales de baja abundancia, incluso en plantas asintomáticas o aquellas afectadas por infecciones complejas y mixtas. Aquí, realizamos una encuesta metatranscriptómica de plantas del mercado búlgaro, tanto sintomáticas como asintomáticas, y sus correspondientes plantones in vitro. Se detectaron virus en todas las muestras analizadas, demostrando que los síntomas visuales no son un indicador fiable de infección. Los viromas estaban dominados por el virus del aclaramiento de venas de petunia (PVCV), el virus del mosaico del pepino (CMV) y el virus de la aspermia del tomate (TAV), junto con bacteriófagos y virus asociados a hongos. Sin embargo, la abundancia de PVCV y CMV fue elevada en muestras in vitro, posiblemente debido a la activación inducida por el corte y/o el cultivo prolongado. El análisis filogenético de los aislados búlgaros de CMV, TAV y PVCV destaca sus vínculos genéticos con cepas de un amplio rango geográfico y diversos hospedadores, enfatizando el potencial de movimiento de virus e intercambio genético entre virus de plantas a través de regiones y especies. También sugiere que las petunias pueden contribuir a la dinámica de transmisión de virus dentro de las redes comerciales ornamentales. Estos hallazgos también enfatizan los riesgos fitosanitarios para la horticultura y establecen una base para una mayor investigación en la ecología de los virus de plantas.