El desarrollo de las primeras civilizaciones estuvo muy asociado con la capacidad de las poblaciones para explotar los recursos naturales. El desarrollo de métodos para la conservación de alimentos fue uno de los pilares de la economía de las sociedades antiguas. En Ecuador, la fermentación de alimentos contribuyó significativamente a los avances sociales y los alimentos fermentados eran considerados exclusivos para la élite o para ceremonias religiosas. Con el avance de la investigación científica sobre bioprocesos, junto con la implementación de nuevas herramientas de secuenciación para la identificación precisa de microorganismos, se están describiendo progresivamente los posibles beneficios para la salud y la formación de compuestos de sabor y aroma en los alimentos fermentados. Esta revisión se centra en describir alimentos fermentados tradicionales de Ecuador, incluyendo el cacao y el café, así como alimentos fermentados menos populares. Es importante proporcionar nuevos conocimientos asociados con los beneficios nutricionales y para la salud de los alimentos fermentados tradicionales.