Los glicceolinas, metabolitos antimicrobianos derivados de isoflavonoides, son los principales fitoalexinas en la soja. Desempeñan roles esenciales en la resistencia a patógenos transmitidos por el suelo y tienen actividades anticancerígenas y neuroprotectoras no convencionales que los hacen deseables para el desarrollo farmacéutico. Nuestros estudios anteriores revelaron que los factores de transcripción GmMYB29A2 y GmNAC42-1 tienen roles esenciales en la activación de la biosíntesis de glicceolinas, sin embargo, cada uno no puede activar la transcripción de todos los genes de biosíntesis en ausencia de un tratamiento con elicitor de patógenos. Aquí, informamos que la co-sobreexpresión de ambos factores de transcripción también es insuficiente para activar la biosíntesis de glicceolinas. Para entender esta insuficiencia, comparamos los perfiles de transcriptoma de raíces peludas que sobreexpresan cada factor de transcripción con raíces que sintetizan glicceolinas tratadas con elicitor de glucano de pared (WGE). GmMYB29A2 reguló al alza la mayoría de los genes regulados por WGE que codifican pasos enzimáticos que abarcan desde el metabolismo primario hasta el último paso de la biosíntesis de glicceolinas. Por el contrario, GmNAC42-1 reguló al alza los genes de biosíntesis de glicceolinas solo cuando se sobreexpresó en presencia del tratamiento con WGE. Esto es consistente con nuestro reciente descubrimiento de que, en ausencia de WGE, GmNAC42-1 está unido por proteínas GmJAZ1 que inhiben su actividad de transactivación. WGE, y no GmMYB29A2 o GmNAC42-1, reguló al alza el gen de la familia de choque térmico, el homólogo de Arabidopsis que activó directamente la transcripción de varios genes de biosíntesis de glicceolinas. Nuestros resultados proporcionan información importante sobre qué genes de biosíntesis necesitarán ser regulados al alza para activar toda la vía biosintética de glicceolinas.