El cultivo continuo de cacahuete (L.) reduce el rendimiento y la calidad, pero los efectos de métodos específicos de rotación sobre el rendimiento y la colonización bacteriana endofítica siguen siendo poco claros. Basado en cinco años de datos de ensayos de cultivo continuo, se emplearon tres sistemas de cultivo diferentes (WF, cacahuete de verano anual y barbecho invernal; GM, cacahuete de verano anual y raigrás invernal; CR, cacahuete de verano rotado con maíz de verano y trigo de invierno) en este estudio para analizar y evaluar sistemáticamente la efectividad de la rotación de cultivos en la mitigación de los obstáculos del cultivo continuo de cacahuete y sus mecanismos subyacentes. Los resultados mostraron que CR aumentó el rendimiento de vainas en un 33% y el contenido de nitrógeno en los granos en un 6.8% en comparación con WF, mientras que GM tuvo un efecto marginal (aumento del 1.4% en nitrógeno). El análisis microbiano (LEfSe/LDA) reveló que CR enriqueció bacterias beneficiosas en las vainas mientras suprimía patógenos potenciales. Estos hallazgos demuestran que la rotación estratégica de cultivos, particularmente CR, mitiga los obstáculos del cultivo continuo al mejorar el rendimiento, la calidad del grano y promover comunidades bacterianas endofíticas beneficiosas. Nuestros hallazgos destacan la complejidad del funcionamiento del sistema de rotación de cultivos y cómo las interacciones entre los patrones de cultivo y la microbiota endofítica afectan el rendimiento del cacahuete y la calidad del grano.