La rotación de cultivos aumenta el rendimiento de los cultivos, mejora la salud del suelo y reduce las enfermedades de las plantas. Sin embargo, se realizaron pocos estudios sobre el uso de patrones de cultivo intensivo para mejorar el microambiente de los suelos salinos. El presente estudio evaluó a fondo el impacto de un patrón de rotación de cultivos de maíz-cacahuate-mijo durante tres años en el rendimiento de los cultivos. Se recolectó el suelo de la rizosfera del cultivo en madurez para evaluar los efectos de la rotación de cultivos sobre la composición y función de las comunidades microbianas en diferentes capas de labranza (0-20 cm y 20-40 cm) de suelos salinos-alcalinos arenosos. Después de tres años de rotación de cultivos, el rendimiento de maíz y los beneficios económicos aumentaron en un promedio del 32.07% y 22.25%, respectivamente, mientras que la relación producción/insumos creció un 10.26%. El pH de la capa de labranza de 0-40 cm de suelos salinos-alcalinos disminuyó en un 2.36%, la materia orgánica aumentó entre un 13.44% y un 15.84%, y los nutrientes disponibles en el suelo de la capa de labranza de 0-20 cm aumentaron entre un 11.94% y un 69.14%. En comparación con el cultivo continuo, la rotación de cultivos impulsó la capacidad de metabolismo de nitrógeno y fósforo del suelo entre un 8.61% y un 88.65%. El enriquecimiento de Actinobacteria y Basidiomycota aumentó el rendimiento de los cultivos. La rotación de cultivos aumenta la riqueza de la comunidad microbiana mientras disminuye la diversidad. El aumento en la abundancia puede disminuir las relaciones competitivas entre especies, potenciar las capacidades sinérgicas, alterar la estructura de las comunidades bacterianas y fúngicas, y mejorar la función de la comunidad microbiana, todo lo cual eleva los rendimientos de los cultivos. Los conocimientos obtenidos pueden contribuir a lograr una gestión óptima de los patrones de cultivo intensivo y un desarrollo sostenible verde.