Las microalgas son consideradas una fuente prometedora de proteínas, lípidos, carbohidratos y otras biomoléculas funcionales para los mercados de alimentos y piensos. Se requieren soluciones de secado competitivas para satisfacer las demandas futuras de biomasa de algas de alta calidad, asegurando una adecuada preservación a costos reducidos. Dado que los métodos de secado comúnmente utilizados, como el secado por congelación o por pulverización, son energéticos y consumen tiempo, es necesario desarrollar procesos más sostenibles. Este estudio probó un secador solar indirecto y híbrido como alternativa al secado por congelación convencional de pasta húmeda producida industrialmente. Se evaluaron los efectos del método de secado en los parámetros de calidad de la biomasa, incluidos perfiles bioquímicos, propiedades funcionales y seguridad microbiana. No se encontraron diferencias significativas entre las tecnologías de secado aplicadas para proteínas totales, carbohidratos, lípidos y perfiles de ácidos grasos. Por otro lado, algunos pigmentos mostraron diferencias significativas, con contenidos hasta un 44.5% más altos en muestras secadas por congelación. También se registraron diferencias menores en los perfiles minerales.