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Secuencia Genómica de Canadian: Un Pariente Silvestre de Quinoa en América del Norte

Autores: Samuels, Mark E.; Lapointe, Cassandra; Halwas, Sara; Worley, Anne C.

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2023

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Acceso abierto

Artículo científico


Categoría

Ciencias Agrícolas y Biológicas

Subcategoría

Botánica

Palabras clave

Quinoa
Secuencia del genoma
Germoplasma
Genes de cloroplasto
Adaptación
Ensamblaje del genoma

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 5

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
El (chenopodio) es una planta nativa de América del Norte, ampliamente distribuida, que fue cultivada y consumida por los pueblos indígenas antes de la llegada de los colonos europeos. Está estrechamente relacionada y se hibrida libremente con el cultivo alimentario domesticado de América del Sur. Como tal, es una fuente potencial de germoplasma silvestre para la cría con el fin de mejorar la producción de quinoa en América del Norte. La secuencia del genoma también podría ser una fuente útil de información para mejorar la adaptación de la quinoa. Con este fin, primero optimizamos marcadores de código de barras en dos genes de cloroplasto. Juntos, estos marcadores pueden distinguir de la morfológicamente similar invasora euroasiática (quinoa de cordero). En segundo lugar, realizamos la secuenciación del genoma completo y la ensamblaje preliminar de un acceso recolectado en Manitoba, Canadá. Nuestro ensamblaje, aunque fragmentado, es consistente con la estructura alotetraploide esperada que contiene subgenomas diploides A y B. El genoma de nuestro acceso es altamente homocigoto, con solo un sitio variante por cada 3-4000 bases en secuencias no repetitivas. Esto es consistente con la autofecundación predominante. Como se informó anteriormente para el genoma de un acceso mexicano parcialmente domesticado, nuestro ensamblaje del genoma es similar al de. Algo inesperadamente, el genoma de nuestro acceso tenía casi tantos sitios variantes en comparación con el mexicano, en comparación con. A pesar de la similitud general de nuestra secuencia del genoma con la de, hay diferencias en genes conocidos por estar involucrados en la domesticación o genética de otros cultivos alimentarios. En un ejemplo, nuestro ensamblaje del genoma parece carecer de una copia funcional del gen (sensible a la sal 1). Está involucrado en la tolerancia a la salinidad del suelo y, por extensión, puede ser relevante para la adaptación de a la húmeda clima de la región canadiense donde fue recolectado. Nuestro ensamblaje del genoma será una herramienta útil para el mejor cultivo de quinoa en América del Norte.

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