Investigaciones recientes realizadas en todo el mundo han revelado la capacidad de una multitud de especies/cepas fúngicas endofíticas para producir compuestos bioactivos que son iguales o estructuralmente relacionados con los sintetizados por sus plantas hospederas. Este fenómeno intrigante ha implementado una gran actividad de investigación dirigida a determinar la naturaleza de los procesos biológicos subyacentes en esta convergencia, así como a caracterizar las bases genéticas de los esquemas biosintéticos. Las percepciones sobre estos temas básicos pueden respaldar la explotación biotecnológica de cepas silvestres, y su eventual mejora a través de la edición del genoma. Los aspectos relacionados con el uso de tecnologías de secuenciación de próxima generación para la elucidación comparativa de las vías biosintéticas que operan en hongos endofíticos y sus plantas hospederas se revisan en este documento en vista de perspectivas aplicativas. Nuestra búsqueda bibliográfica arrojó 21 referencias que tratan al menos 26 cepas que han sido objeto de actividades experimentales que involucran métodos de secuenciación masiva de genomas y transcriptomas en los últimos ocho años.