(1) Antecedentes: La condrogénesis inducida por matriz autóloga (AMIC) es un tratamiento bio-ortopédico para el daño del cartílago articular. Combina la cirugía de microfractura con la aplicación de una membrana de colágeno. El objetivo del presente estudio fue informar sobre un seguimiento a medio plazo de pacientes tratados con AMIC para lesiones condral focales. (2) Métodos: Cuarenta y ocho pacientes tratados quirúrgicamente y 21 participantes de control fueron incluidos en el estudio. Para evaluar los resultados funcionales, se realizaron mediciones proprioceptivas (estabilidad postural, prioridad postural) e isocinéticas (valor máximo del par de extensión y flexión de rodilla en relación con la masa corporal y el trabajo total). Para evaluar los resultados clínicos, se impusieron el puntaje de Lysholm y el puntaje IKDC. (3) Resultados: En comparación con los valores preoperatorios, hubo una mejora significativa en los primeros 2 años después de la intervención en las medidas de resultados funcionales y subjetivos. (4) Conclusiones: AMIC mostró resultados duraderos en rodillas alineadas.