La biofortificación con selenio (Se) representa una estrategia crítica para abordar la deficiencia de micronutrientes mientras se mejora la calidad nutricional de la fruta. Este estudio investigó aplicaciones foliares de nanopartículas de Se y Si para la biofortificación de duraznos con Se y la mejora de la calidad. Se sintetizaron y caracterizaron nanopartículas de Se (95.2 nm) utilizando análisis de SEM, EDS y FTIR. Se aplicaron seis tratamientos: control (Ck), SeNPs-5, SeNPs-10, SiNPs-10, Se5Si10 y Se10Si10. SeNPs-10 logró la máxima biofortificación de Se (0.47 mg kg), representando un aumento de 5.4 veces sobre los controles, con un 85% de acumulación de Se orgánico. Los tratamientos combinados demostraron efectos sinérgicos en múltiples parámetros de calidad. Se5Si10 condujo a las actividades más altas de enzimas antioxidantes (peroxidasa: 2254 U g, catalasa: 61.7 U g) y mejora de compuestos fenólicos (ácido clorogénico: 267 mg kg, fenoles totales: 12.8 mg GAE g). La biosíntesis de flavonoides se optimizó con Se10Si10, logrando la máxima acumulación de rutina (53.9 mg kg) y contenido de ácido ascórbico (60.7 mg/100 g). Las mejoras en la calidad física incluyeron una mayor firmeza (100.9 N cm) y acumulación de azúcares (14.1% de sólidos solubles). Los tratamientos combinados redujeron los marcadores de estrés oxidativo (MDA: 22.11 mol g) mientras mejoraban el metabolismo de proteínas. Estos hallazgos demuestran que las combinaciones de nanopartículas de Se-Si mostraron una biofortificación óptima con una mejora sinérgica de la calidad, estableciendo estrategias efectivas para la producción de duraznos nutricionalmente enriquecidos.