La cultura de tejidos vegetales ha sido reconocida como una tecnología esencial en la investigación científica de plantas. Este proceso se utiliza ampliamente para regenerar y conservar recursos vegetales fenotípica y genéticamente idénticos. Los avances en los métodos de cultivo de tejidos se han convertido en una opción viable para la micropropagación de plantas a nivel comercial. El éxito de la micropropagación comercial requiere estabilidad genética entre las plantas regeneradas. A veces, las plantas cultivadas in vitro muestran alteraciones genéticas y epigenéticas debido a condiciones estresantes de cultivo artificial, composiciones de medios y tipos de explantes. Por lo tanto, es esencial garantizar la estabilidad genética entre plantines derivados de cultivos de tejidos en una etapa muy temprana. Las variaciones somaclonales pueden detectarse mediante evaluación fenotípica, citogenética, marcadores moleculares basados en ADN, secuenciación de bisulfito y secuenciación de ARN. Esta revisión tiene como objetivo describir las causas detrás de la variación somaclonal, la selección de variantes somaclonales y sus usos en la mejora de cultivos y plantas a nivel comercial. Este estudio discute los procesos de optimización de la variación genética y epigenética no deseada entre plantas micropropagadas y su aplicación en la horticultura, agricultura y silvicultura globales.