Los estudios fisiológicos del mejillón Perna perna en Brasil presentan un retraso de casi 30 años respecto a los de otras especies investigadas con mayor profundidad, como Mytilus edulis. Se conoce poco sobre las variaciones en las tasas fisiológicas debidas al tamaño y las consecuencias del mantenimiento de P. perna en condiciones de laboratorio. Este trabajo investigó las variaciones en las tasas de respiración, depuración, excreción y eficiencia de absorción de P. perna, clasificados por tamaño y aclimatados en un laboratorio, monitoreando las tasas de respiración y biometría de los mejillones durante un período de 30 días en condiciones de laboratorio. Las tasas de respiración, depuración y excreción presentaron una relación alométrica con el peso seco de los organismos, con valores b de 0,66, 0,48 y 0,91, respectivamente. Por otro lado, estas mismas tasas, al considerarlas por peso (tasas específicas), mostraron una relación inversa al tamaño de los organismos. Solo la eficiencia de absorción fue independiente del peso del mejillón. En términos de aclimatación, se observó que la tasa respiratoria del mejillón P. perna tarda 10 días en estabilizarse en condiciones de laboratorio, tras lo cual sigue un metabolismo normal.