El estrés por sequía limita el crecimiento de las plántulas, obstaculizando el desarrollo morfológico y el establecimiento de la población. Una especie críticamente amenazada endémica de las regiones kársticas del suroeste de China presenta una estructura poblacional deficiente y una regeneración natural limitada en la naturaleza, siendo el déficit de agua durante la etapa de plántula un factor importante que contribuye a su estado de peligro. Elucidar los mecanismos fisiológicos y moleculares subyacentes a la tolerancia a la sequía en las plántulas es esencial para mejorar su adaptabilidad a la sequía y facilitar la recuperación de la población. En este estudio, 72 plántulas de dos años se dividieron en dos grupos: sequía (PEG) y etefón (PEG + Etefón), y se sometieron a experimentos de sequía-rehidratación. Los resultados mostraron que la aplicación exógena de 100 mg·L de etefón mejoró significativamente la conductancia estomática y el contenido de pigmentos fotosintéticos en las plántulas. Bajo estrés por sequía, el grupo PEG + Etefón mostró un cierre estomático rápido, manteniendo el equilibrio hídrico y niveles más altos de pigmentos fotosintéticos. Después de la rehidratación, el grupo PEG + Etefón superó significativamente al grupo PEG en términos de tasa fotosintética. El tratamiento con etefón redujo los niveles de HO y MDA, mejoró la actividad de las enzimas antioxidantes (SOD, CAT, POD, GR) y aumentó la actividad de los reguladores osmóticos (azúcares solubles, proteínas solubles y prolina), mejorando la capacidad de eliminación de ROS y reduciendo el daño oxidativo. La aplicación de etefón aumentó significativamente la acumulación de etileno en las plántulas, mientras que el estrés por sequía estimuló las concentraciones de las enzimas clave de biosíntesis de etileno (SAMS, ACS y ACO), contribuyendo así a mejorar la resistencia a la sequía. Los datos transcriptómicos revelaron que el estrés por sequía reguló al alza significativamente los genes clave de biosíntesis de etileno, con niveles de expresión que aumentaron con la duración del estrés y disminuyeron rápidamente después de la rehidratación. El análisis de WGCNA identificó ocho genes clave de resistencia a la sequía, proporcionando objetivos valiosos para futuras investigaciones. Este estudio proporciona la primera visión mecanicista sobre las respuestas fisiológicas y moleculares de las plántulas a la sequía y la rehidratación, subrayando el papel central del etileno endógeno en la tolerancia a la sequía. El tratamiento con etefón mejoró efectivamente la acumulación de etileno y la actividad de las enzimas biosintéticas, mejorando así la adaptabilidad a la sequía. Estos hallazgos sientan una base teórica para estudios funcionales moleculares posteriores y la biología de conservación de esta especie en peligro.