Las enfermedades causadas por begomovirus, como la enfermedad de rizado amarillo de la hoja del tomate (TYLCD), son una de las principales limitaciones en la agricultura. Mientras que las interacciones entre plantas y begomovirus monopartitos durante la patogénesis de TYLCD han sido exploradas extensamente, cómo los begomovirus bipartitos interactúan con las plantas de tomate ha sido poco estudiado. Aquí encontramos por primera vez que un begomovirus bipartito, el virus del rizado amarillo de la hoja del tomate de Tailandia (TYLCTHV), induce un crecimiento atrofiado, rizado de hojas y amarillamiento en las plantas de tomate. Luego, perfilamos los cambios transcriptómicos en el tomate en respuesta a la infección por TYLCTHV. En total, identificamos 2322 genes sobreexpresados y 1377 genes subexpresados. El análisis de enriquecimiento de KEGG de los genes expresados diferencialmente (DEGs) reveló que muchos caminos de KEGG que regulan los procesos de fotosíntesis de las plantas y defensas estaban enriquecidos. Específicamente, la infección por TYLCTHV interrumpió la expresión de DEGs que funcionan en el complejo de proteínas de clorofila de captura de luz, fotosistema I y II, complejo de citocromo b6/f, transporte de electrones fotosintéticos y ATPasa tipo F. Además, la expresión de muchos DEGs que regulan las defensas de las plantas, incluyendo la inmunidad desencadenada por patrones moleculares asociados a patógenos (PAMP), inmunidad desencadenada por efectores y respuesta hipersensible, fue sobreexpresada tras la infección por TYLCTHV. En conjunto, encontramos que durante la patogénesis de TYLCD inducida por TYLCTHV, el virus interrumpe activamente los procesos de fotosíntesis de las plantas e induce respuestas de defensa. Nuestros hallazgos contribuyen a nuestro conocimiento de la patogénesis de TYLCD y las interacciones planta-virus en general.