Huanglongbing (HLB), asociado con Liberibacter asiaticus (Las), ha impactado severamente la producción global de cítricos, sin que actualmente existan medidas de control económicamente viables. Este estudio exploró el tratamiento por microondas a 2450 MHz como un método físico innovador para el control de HLB, combinando la eficacia de eliminación de patógenos con el análisis metabolómico. En experimentos controlados, 36 plantas de cítricos infectadas con HLB fueron tratadas con irradiación de microondas de 500 W o 250 W y se sometieron a 10 ciclos, logrando una reducción de hasta el 99.83% en el título de Las. El análisis metabolómico no dirigido identificó 15 metabolitos significativamente alterados, incluyendo beta-cariofileno y lisofosfatidilinositoles regulados al alza, y 5-S-metil-5-tioadenosina regulada a la baja. Los resultados indican que el tratamiento por microondas suprimió efectivamente a Las mientras desencadenaba simultáneamente cambios metabólicos fisiológicos en los cítricos. Estos hallazgos sugieren que el tratamiento por microondas podría servir como una alternativa sostenible a los controles químicos. Sin embargo, será esencial una mayor optimización de parámetros, como longitudes de onda, voltajes, corrientes y protocolos de seguridad, para la implementación práctica en el campo.