La enfermedad celíaca (CeD) es una enteropatía autoinmune desencadenada por péptidos de gluten inmunogénicos liberados durante la digestión gastrointestinal del trigo. Nuestro objetivo fue identificar péptidos que contienen epítopos de células T después de la digestión ex vivo de trigo ancestral (escanda, espelta y farro) y trigo común (hexaploide) (Fram, Bastian, Børsum y Mirakel) utilizando jugos gastrointestinales humanos. El caldo de trigo fue digerido utilizando un modelo estático ex vivo. Los péptidos liberados después de 240 minutos de digestión fueron analizados por cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas de alta resolución (HPLC-ESI MS/MS). La digestión ex vivo liberó menos péptidos que contienen epítopos de células T de las variedades de trigo ancestral (escanda ( = 38), espelta ( = 45) y farro ( = 68)) en comparación con las variedades de trigo común (Fram ( = 72), Børsum ( = 99), Bastian ( = 155) y Mirakel ( = 144)). Ni los péptidos alfa-gliadina 33mer y 25mer inmunodominantes, ni el péptido alfa-gliadina 26mer, se encontraron en ninguno de los tipos de trigo digeridos. En conclusión, el jugo digestivo humano fue capaz de digerir los péptidos derivados de alfa-gliadina 33mer y 25mer, y el péptido alfa-gliadina 26mer, mientras que sus fragmentos aún contenían epítopos reactivos de células T ingenuas. Aunque el trigo ancestral liberó menos péptidos inmunogénicos después de la digestión humana ex vivo, siguen siendo altamente tóxicos para los pacientes celíacos. Sin embargo, el uso más generalizado de estas variantes de trigo antiguas podría reducir la incidencia de la CeD.