Las simulaciones de dinámica molecular aprovechan entornos de supercomputación, por ejemplo, para resolver sistemas moleculares compuestos por millones de átomos. Los supercomputadores están aumentando su potencia de cálculo y memoria a la vez que se vuelven más complejos con la introducción de entornos Multi-GPU. A pesar de estas capacidades, la simulación de dinámica molecular no es un proceso sencillo. Requiere preparar adecuadamente los datos de la simulación y configurar toda la operación, por ejemplo, instalando y gestionando paquetes de software específicos para aprovechar el potencial de los supercomputadores Multi-GPU. Proponemos una herramienta web que facilita la gestión de flujos de trabajo de dinámica molecular para ser utilizada en combinación con un entorno de nube Multi-GPU. La herramienta permite a los usuarios realizar un pipeline de datos y ejecutar la simulación en un entorno de nube, incluso para aquellos que no están especializados en el desarrollo de simuladores de dinámica molecular o gestión de nubes.