El arroz es uno de los alimentos más consumidos en todo el mundo. Sin embargo, la productividad y calidad de los granos de arroz están severamente limitadas por microbios patógenos. En las últimas décadas, se han aplicado herramientas de proteómica para investigar los cambios a nivel de proteínas durante las interacciones entre el arroz y los microbios, lo que ha llevado a la identificación de varias proteínas involucradas en la resistencia a enfermedades. Las plantas han desarrollado un sistema inmunológico de múltiples capas para suprimir la invasión e infección de patógenos. Por lo tanto, dirigir las proteínas y vías asociadas con la respuesta inmune innata del huésped es una estrategia eficiente para desarrollar cultivos resistentes al estrés. En esta revisión, discutimos el progreso realizado hasta ahora con respecto a las interacciones entre el arroz y los microbios desde la perspectiva del proteoma. También se presenta evidencia genética asociada con proteínas relacionadas con la resistencia a patógenos, y se destacan los desafíos y perspectivas futuras para comprender la complejidad de las interacciones arroz-microbio y desarrollar cultivos resistentes a enfermedades en el futuro.