Una primera visión sobre el transcriptoma de los hongos patógenos de plantas de América del Norte
Autores: Fradj, Narimene; de Montigny, Nicolas; Mérindol, Natacha; Awwad, Fatima; Boumghar, Yacine; Germain, Hugo; Desgagné-Penix, Isabel
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2020
Acceso abierto
Artículo científico
2020
Una primera visión sobre el transcriptoma de los hongos patógenos de plantas de América del NorteCategoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
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Citaciones: Sin citaciones
un patógeno fúngico de especies de madera primaria de los bosques de América del Norte, causa la enfermedad de la pudrición blanca de las raíces que finalmente mata a los árboles. Una comprensión más detallada de los mecanismos moleculares subyacentes a esta enfermedad apoyará futuros desarrollos en resistencia y manejo de enfermedades, así como en la descomposición de material celulósico para su uso posterior. En este estudio, se utilizó la tecnología RNA-Seq para comparar los perfiles del transcriptoma de cultivos fúngicos crecidos en medio de malta de levadura suplementado o no con betulina, un compuesto natural del grupo de los terpenoides que se encuentra en abundancia en la corteza del abedul blanco. Esto se hizo para identificar los transcritos de enzimas involucradas en el metabolismo (reacción redox) de la betulina en ácido betulínico, un potente fármaco anticancerígeno. Se realizó un ensamblaje y caracterización de novo del transcriptoma utilizando tecnología Illumina. Se generaron un total de 170,592,464 lecturas, luego se caracterizaron 273,561 transcritos. Aproximadamente, el 53% de los transcritos pudieron ser identificados utilizando bases de datos públicas con varias vías metabólicas representadas. Se identificaron un total de 11 transcritos involucrados en la biosíntesis de terpenoides. Además, se descubrieron 25 transcritos de genes que podrían desempeñar un papel significativo en la degradación de la lignina, así como varias enzimas redox de la familia de los citocromos P450. Hasta donde sabemos, esta investigación es el primer estudio transcriptómico realizado sobre.
Descripción
un patógeno fúngico de especies de madera primaria de los bosques de América del Norte, causa la enfermedad de la pudrición blanca de las raíces que finalmente mata a los árboles. Una comprensión más detallada de los mecanismos moleculares subyacentes a esta enfermedad apoyará futuros desarrollos en resistencia y manejo de enfermedades, así como en la descomposición de material celulósico para su uso posterior. En este estudio, se utilizó la tecnología RNA-Seq para comparar los perfiles del transcriptoma de cultivos fúngicos crecidos en medio de malta de levadura suplementado o no con betulina, un compuesto natural del grupo de los terpenoides que se encuentra en abundancia en la corteza del abedul blanco. Esto se hizo para identificar los transcritos de enzimas involucradas en el metabolismo (reacción redox) de la betulina en ácido betulínico, un potente fármaco anticancerígeno. Se realizó un ensamblaje y caracterización de novo del transcriptoma utilizando tecnología Illumina. Se generaron un total de 170,592,464 lecturas, luego se caracterizaron 273,561 transcritos. Aproximadamente, el 53% de los transcritos pudieron ser identificados utilizando bases de datos públicas con varias vías metabólicas representadas. Se identificaron un total de 11 transcritos involucrados en la biosíntesis de terpenoides. Además, se descubrieron 25 transcritos de genes que podrían desempeñar un papel significativo en la degradación de la lignina, así como varias enzimas redox de la familia de los citocromos P450. Hasta donde sabemos, esta investigación es el primer estudio transcriptómico realizado sobre.