Se analizaron las fracciones de hidrocarburos de cera de especies nativas de Butia y Syagrus recolectadas de palmeras en diferentes regiones del estado de Rio Grande do Sul (Brasil) y en Rocha (Uruguay) para evaluar su potencial como marcadores quimiotaxonómicos. La cera se extrajo con cloroformo y la cera resultante se fraccionó mediante cromatografía en capa fina (CCF) preparativa. Las fracciones de hidrocarburos se analizaron mediante cromatografía de gases-espectrometría de masas (GC-MS). Los análisis estadísticos se realizaron con el programa Statistica 5.0. El rendimiento total de cera cruda promedió 0,31 % p/p–1 de hojas secas para las muestras de Butia y 0,28 % para las muestras de Syagrus. Los hidrocarburos lineales representaron en promedio el 15 % del total de ceras en el caso de las muestras de Butia y el 13,7 % en las muestras de Syagrus. El hentriacontano y el triacontano fueron los componentes principales de todas las muestras. La comparación de las medias mostró diferencias significativas entre las muestras de Butia y Syagrus, y entre las muestras de Butia recolectadas en diferentes localidades. En el caso de las colecciones de Syagrus, no se pudieron establecer agrupaciones consistentes. En el caso de las muestras de Butia, se observó la formación de tres agrupaciones, que coincidieron con las especies descritas para su distribución geográfica. Estos resultados se discuten en el artículo.