Los ARN celulares de origen natural contienen un número impresionante de residuos modificados químicamente distintos que aparecen de forma postranscripcional, como resultado de la acción específica de las correspondientes enzimas de modificación del ARN. Hasta ahora se han identificado y caracterizado más de 100 modificaciones químicas diferentes. La identificación de la naturaleza química y la posición exacta de estas modificaciones se basa normalmente en el análisis 2D-TLC de digestiones de nucleótidos, en HPLC acoplado a espectrometría de masas, o en el uso de la extensión de cebadores mediante transcriptasa inversa. Sin embargo, muchos nucleótidos modificados son silenciosos en la transcripción inversa, ya que la presencia de grupos químicos adicionales no suele cambiar las propiedades de apareamiento de las bases. En este artículo, presentamos un resumen de varios enfoques químicos que explotan la reactividad específica de los nucleótidos modificados en el ARN para su detección.