Evaluar con precisión la variación natural en la biodiversidad es crucial como base para monitorear tendencias y atribuirlas a factores naturales o antropogénicos. Para evaluar esta base, estimamos la riqueza de especies, la composición y la abundancia de plantas, escarabajos y hormigas en el Cañón de la Evolución II (Israel), una reserva protegida en el Mediterráneo Oriental que es conocida tanto por su heterogeneidad como por un cambio climático más rápido de lo promedio. Se realizó un muestreo consecutivo durante 24 meses en tres microhábitats divergentes del cañón (pendientes xerófilas orientadas al sur y pendientes mesófilas orientadas al norte y el fondo del valle) durante 2019-2021 utilizando los mismos métodos empleados en el mismo sitio durante 1998-2000, lo que nos permitió también estudiar la variación estacional e interanual. En total, se encontraron 459 especies de escarabajos, 349 especies de plantas y 47 especies de hormigas. Estos taxones exhiben una divergencia sustancial y persistente entre las pendientes del cañón. A pesar de las tasas de recambio de especies sustanciales entre períodos en todos los taxones, casi no se encontró cambio respecto a los orígenes biogeográficos de la composición de especies de plantas y escarabajos. Además, las diferencias en la riqueza de especies entre microhábitats persistieron entre los períodos de estudio, y el muestreo durante todo el año reveló muchas especies de escarabajos dominantes que alcanzan su pico en invierno. Estos hallazgos reflejan la importancia de realizar un estudio exhaustivo de diversos taxones, microhábitats, estaciones y patrones climáticos anuales al caracterizar la línea base natural de un programa de monitoreo.