La agricultura de precisión facilita una mejor gestión al estudiar la variabilidad espacial y temporal de los atributos del suelo. Las semillas de soja (L.) Merrill) pueden exhibir una calidad distinta cuando se producen en diferentes zonas de manejo. Este estudio tuvo como objetivo validar las zonas de manejo durante la producción de semillas e identificar la variabilidad y distribución espacial de la calidad fisiológica de las semillas de soja utilizando herramientas geoestadísticas. Las zonas de manejo se definieron en función de mapas interpolados de atributos del suelo y de la vegetación utilizando el complemento Smart Map Plugin (SMP) dentro del entorno QGIS. Después de la cosecha, se evaluó la variabilidad de la calidad fisiológica de las semillas en diferentes zonas de manejo. Se realizaron pruebas de germinación, envejecimiento acelerado, peso seco, emergencia, conductividad eléctrica y tetrazolio en un diseño completamente aleatorizado. Los atributos del suelo, el stand inicial de plantas y la productividad de semillas de soja validaron las zonas de manejo. La calidad fisiológica de las semillas varía a lo largo del campo de producción, particularmente en términos de vigor, mejorando así los diagnósticos a través de la interpolación de mapas. La geoestadística permite determinar la distribución espacial de la calidad fisiológica de las semillas de soja en las áreas de producción de semillas, facilitando la toma de decisiones respecto a las zonas de cosecha.