La fragmentación forestal afecta a las poblaciones de aves de diversas maneras, modificando la composición de las comunidades y favoreciendo a las especies de campo abierto. El Bosque Atlántico se considera uno de los biomas más importantes del mundo debido a su gran biodiversidad, sus aceleradas tasas de deforestación y su alto endemismo. A pesar de estas características, pocos estudios han evaluado los efectos de la fragmentación forestal en la estructura genética de las poblaciones de aves del Bosque Atlántico. Por lo tanto, este estudio busca verificar los efectos de la fragmentación forestal en la estructura genética de la población de Conopophaga lineata mediante marcadores RAPD. Para lograr este objetivo, se capturaron 89 individuos de C. lineata en nueve fragmentos del Bosque Atlántico en el estado de Minas Gerais. Los datos RAPD indican que la fragmentación forestal no ha afectado la variación genética de las poblaciones de C. lineata (U de Mann-Whitney = 3,50; p = 0,11). Gran parte de la variabilidad genética de esta especie se encuentra dentro de las poblaciones y no se observó correlación entre la distancia genética y geográfica (prueba de Mantel t = 0,6250; p = 0,73). Los análisis UPGMA no mostraron clados definidos y todas las ramas mostraron un bajo apoyo estadístico. La baja diferenciación poblacional observada en esta especie puede deberse a un alto flujo genético entre poblaciones o a una fragmentación reciente. Por lo tanto, el estado actual de diversidad de las poblaciones de C. lineata indica que esta especie no se ve afectada significativamente por la fragmentación. Sin embargo, es esencial realizar más estudios genéticos para mejorar las estrategias de conservación de las aves del Bosque Atlántico brasileño.