La L. (haba) es uno de los cultivos de legumbres más prometedores debido a su valor nutricional y alta capacidad de fijación de nitrógeno. El objetivo del presente estudio fue comparar la diversidad genética y los perfiles de metabolitos de semillas de cinco materiales genéticos de haba. Específicamente, se evaluaron tres líneas avanzadas recién desarrolladas (KK18, KK14 y KK10) y dos cultivares comerciales (POLIKARPI y TANAGRA) para este propósito. La diversidad genética entre las poblaciones se evaluó mediante marcadores moleculares SCoT. A través del dendrograma UPGMA, se estimaron las distancias genéticas entre las poblaciones. Se realizó un análisis de metabolómica no dirigido de las semillas utilizando GC/EI/MS. El cultivar POLIKARPI mostró el mayor polimorfismo. Todas las variedades mostraron una mayor variabilidad dentro de los cultivares y líneas avanzadas que entre ellos. POLIKARPI y KK14 tuvieron las distancias genéticas más bajas, mientras que KK18 y TANAGRA presentaron las más altas. La línea avanzada KK18 mostró el mejor perfil nutricional, la mayor concentración de metabolitos deseables (ácido láctico y trehalosa), la menor concentración de factores antinutricionales (ácido oxálico) y la menor concentración de ácidos grasos saturados (ácido palmítico y ácido esteárico). De acuerdo con los resultados del presente estudio, la línea KK18 es un material muy prometedor para una mayor exploración y utilización en programas de mejoramiento.