Se evalúa la variación interanual de las comunidades fitoplanctónicas en los tres ríos principales de la llanura aluvial del Alto Paraná en relación con los cambios en el régimen hidrosedimentológico. Estos cambios son resultado de la variabilidad climática y la formación del embalse de Porto Primavera, ubicado en el alto Paraná. Se investigó la riqueza y densidad de especies fitoplanctónicas en los ríos durante un período previo (1993-1994) y ocho años después del embalse (2000-2007). Se realizaron múltiples análisis para evaluar las diferencias entre estos períodos y encontrar variables predictoras de los atributos fitoplanctónicos. Se encontró un total de 454 taxones fitoplanctónicos. El análisis de regresión reveló diferencias significativas entre los períodos. En los años posteriores a la construcción de la presa de Porto Primavera, la riqueza de especies fue menor en el río Paraná y la densidad fue mayor en los tres ríos. En general, la densidad de algas disminuyó entre 2005 y 2007. Las diatomeas y las cianobacterias contribuyeron significativamente a la densidad total durante el período de marzo de 1993 a febrero de 1994. Entre 2000 y 2007, la contribución de diatomeas a la riqueza de especies fue menor y la de cianobacterias mayor. A partir del año 2000, predominaron las criptomónadas y las cianobacterias. La variabilidad interanual del fitoplancton probablemente se vio influenciada por cambios en el régimen hidrosedimentológico debido a variaciones climáticas (La Niña y El Niño - Oscilación del Sur - ENOS) y los procedimientos operativos asociados con los embalses aguas arriba. Los estudios sobre la variabilidad climática y sus efectos en los regímenes hidrosedimentológicos de los ríos Paraná, Baía e Ivinhema y su biota son necesarios para obtener subsidios para la gestión, incluyendo decisiones relacionadas con la operación de represas aguas arriba y aguas abajo del área de estudio, con el fin de minimizar los riesgos para el Área de Protección Ambiental.