La presencia de diversos sustratos biológicos añade complejidad a los paisajes costeros y aumenta el número de nichos ecológicos que la epifauna móvil puede utilizar. Los estudios sobre la influencia de la complejidad estructural se han centrado principalmente en las especies hospedantes de algas, pero existe poca información sobre la influencia de la variación estructural intraespecífica en la epifauna móvil asociada. En este trabajo, examinamos si la variación intraespecífica en el alga parda Sargassum cymosum influyó en la estructura de los ensambles de anfípodos en dos orillas con diferente exposición al oleaje. Se muestrearon aleatoriamente al menos 15 frondas en las playas de Fortaleza y Perequê-Mirim, en la costa atlántica del estado de São Paulo, sureste de Brasil, y se midieron 12 variables para cada alga. Los anfípodos fueron identificados y contabilizados. La mayor variación estructural en S. cymosum se observó dentro de las orillas, mientras que las diferencias entre las orillas se relacionaron principalmente con el tamaño de las algas. Estas características influyeron en los ensambles de anfípodos de forma diferente en cada orilla, y los mayores efectos se asociaron con variables relacionadas con la complejidad morfológica, como el tamaño de los anclajes, el número y tamaño de las ramas, y la extensión de la cobertura por animales coloniales sésiles. Estos hallazgos muestran que los bancos de algas monoespecíficos no son homogéneos y que las diferencias morfológicas y las interacciones con otros sustratos biológicos pueden influir en los ensambles epifaunales móviles.