Veintisiete accesiones de Lippia alba Mill., recolectadas en el estado de Rio Grande do Sul, Brasil, fueron analizadas mediante marcadores ISSR y RAPD para evaluar su variabilidad genética y sus relaciones. Seis cebadores ISSR y cuatro cebadores RAPD generaron 120 fragmentos amplificados, la mayoría de los cuales fueron polimórficos. La variabilidad genética general entre las accesiones fue muy alta en comparación con otras especies vegetales. El análisis jerárquico de datos moleculares (UPGMA) mostró una baja relación entre las accesiones y ninguna agrupación entre accesiones del mismo quimiotipo. Las funciones canónicas permitieron identificar algunas variables relacionadas con las características químicas de los aceites esenciales. Tanto los marcadores ISSR como los RAPD fueron eficaces para abordar la diversidad genética de L. alba y podrían contribuir a la conservación y el mejoramiento de esta especie aromática y medicinal de creciente importancia.