El estrés abiótico puede reprogramar la vía gametofítica; los mecanismos por los cuales el pretratamiento de los brotes florales influye en la iniciación de la embriogénesis de microsporas siguen siendo poco claros. En este estudio, utilizamos secuenciación de bisulfito, sRNA-seq y RNA-seq para analizar los cambios dinámicos en las microsporas de arroz bajo diferentes duraciones de tratamiento con frío. Nuestros resultados mostraron que un tratamiento con frío de 10 días es esencial para la iniciación de la embriogénesis de microsporas CXJ. Los niveles de metilación del ADN mostraron un ligero cambio en los sitios CG, CHG y CHH bajo tratamiento con frío. El número de DMRs hipermetilados e hipometilados aumentó durante el tratamiento con frío, con más DMRs hipermetilados a los 5 y 10 días post-tratamiento. Los DMRs hipermetilados se encontraron con más frecuencia en la región TSS en comparación con los DMRs hipometilados. La proporción de sRNAs de 24 nt aumentó ante el estrés por frío, con más sRNAs regulados a la baja que a la alza a los 10 días post-tratamiento. El número de DEGs objetivo de DMR aumentó de 5 a 10 días post-tratamiento. La hipometilación del promotor en el sitio CHH se asoció más frecuentemente con DEGs. Estos resultados sugieren que la vía RdDM participa en la iniciación de la embriogénesis de microsporas de arroz. El análisis de GO indicó que los DEGs objetivo de DMR a los 10 días post-tratamiento estaban enriquecidos en respuestas a estímulos químicos, procesos biológicos y respuestas al estrés. Se identificó además un gen relacionado con auxinas. Su regulación al alza, potencialmente mediada por la vía RdDM, puede desempeñar un papel crucial en la iniciación de la embriogénesis de microsporas de arroz. Este estudio proporciona más información sobre los mecanismos epigenéticos durante la embriogénesis de microsporas de arroz.