Las cepas nativas en el suelo del viñedo representan una oportunidad para reducir la incidencia de enfermedades del tronco de la vid (ETVs) en los viñedos. Además, su relación con el medio ambiente (características fisicoquímicas del suelo y prácticas de manejo agrícola) sigue siendo poco clara. En el estudio actual, se realizó una encuesta sobre el manejo agrícola utilizado por los viticultores, y se estudiaron muestras de suelo para analizar sus propiedades fisicoquímicas y aislar cepas. Posteriormente, se realizaron análisis estadísticos para identificar posibles correlaciones entre las poblaciones, el manejo del suelo y las características del suelo. Además, se realizaron pruebas, incluyendo antibiosis y micoparasitismo, para seleccionar aquellas cepas capaces de antagonizar. En este estudio se encontró una correlación positiva entre el contenido de hierro y el pH en el suelo, y un pH más bajo aumenta las poblaciones en los suelos. El manejo del viñedo también afecta las poblaciones en el suelo, negativamente en el caso de la fertilización y el laboreo, y positivamente en el caso de la aplicación de herbicidas. Se seleccionaron dos cepas nativas como posibles agentes de biocontrol (T065 y T087) utilizando antibiosis y micoparasitismo como mecanismos de acción. Estos resultados llevaron a la conclusión de que las cepas nativas tienen un gran potencial como agentes de control biológico y como productoras de metabolitos secundarios.