Análisis viromático de transcriptomas de narcisos chinos revela diversas especies de virus y diversidad genética en diferentes etapas de desarrollo floral
Autores: Choi, Hoseong; Jo, Yeonhwa; Cho, Won Kyong
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
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Citaciones: Sin citaciones
Se exploraron los viromas de las flores de narciso chinas utilizando datos de transcriptoma de 20 muestras recolectadas en diferentes etapas de desarrollo floral. Los datos crudos, controlados por calidad, fueron ensamblados, resultando en 5893 contigs virales que coincidieron con las siete especies de virus. Los virus más abundantes fueron el virus latente común del narciso (NCLV), el virus de la franja amarilla del narciso (NYSV) y el virus asociado al moteado del narciso (NMaV). A medida que avanzaban las etapas de desarrollo floral, las plantas con tépalos blancos mostraron un aumento en la proporción de lecturas virales, mientras que la variación en la proporción viral entre las plantas con tépalos amarillos fue relativamente pequeña. El virus de la degeneración del narciso (NDV) dominó las muestras con tépalos blancos, mientras que NDV y NYSV prevalecieron en las muestras con tépalos amarillos. Los potyvirus, particularmente NDV, son los principales virus infecciosos. El ensamblaje generó contigs virales para cinco virus, produciendo genomas completos para NCLV, NDV, el virus amarillo de la temporada tardía del narciso (NLSYV) y NYSV. El análisis filogenético reveló diversidad genética, con grupos distintos de NCLV, NMaV, NDV, NLSYV y NYSV. Este estudio proporciona valiosos conocimientos sobre los viromas y la diversidad genética de los virus en las flores de narciso chinas.
Descripción
Se exploraron los viromas de las flores de narciso chinas utilizando datos de transcriptoma de 20 muestras recolectadas en diferentes etapas de desarrollo floral. Los datos crudos, controlados por calidad, fueron ensamblados, resultando en 5893 contigs virales que coincidieron con las siete especies de virus. Los virus más abundantes fueron el virus latente común del narciso (NCLV), el virus de la franja amarilla del narciso (NYSV) y el virus asociado al moteado del narciso (NMaV). A medida que avanzaban las etapas de desarrollo floral, las plantas con tépalos blancos mostraron un aumento en la proporción de lecturas virales, mientras que la variación en la proporción viral entre las plantas con tépalos amarillos fue relativamente pequeña. El virus de la degeneración del narciso (NDV) dominó las muestras con tépalos blancos, mientras que NDV y NYSV prevalecieron en las muestras con tépalos amarillos. Los potyvirus, particularmente NDV, son los principales virus infecciosos. El ensamblaje generó contigs virales para cinco virus, produciendo genomas completos para NCLV, NDV, el virus amarillo de la temporada tardía del narciso (NLSYV) y NYSV. El análisis filogenético reveló diversidad genética, con grupos distintos de NCLV, NMaV, NDV, NLSYV y NYSV. Este estudio proporciona valiosos conocimientos sobre los viromas y la diversidad genética de los virus en las flores de narciso chinas.