Cookies y Privacidad
Usamos cookies propias y de terceros para mejorar la experiencia de nuestros usuarios, analizar el tráfico del sitio y personalizar contenido. Si continúas navegando, asumimos que aceptas su uso. Para más información, consulta nuestra Política de Cookies
WinBEST-KIT: simulador de reacción bioquímica para analizar vías metabólicas de múltiples capas
Anteriormente desarrollamos el simulador de reacciones bioquímicas WinBEST-KIT. En los últimos años, el interés de investigación ha pasado del análisis de reacciones bioquímicas individuales al análisis de vías metabólicas como sistemas. Estas vías metabólicas a gran escala y complicadas pueden considerarse como estructuras características de múltiples capas, que, por conveniencia, se separan de los sistemas biológicos completos según sus roles específicos. Estas vías incluyen reactantes que tienen el mismo nombre pero con coeficientes estequiométricos únicos dispuestos en muchos lugares diferentes y conectados entre capas arbitrarias. Por lo tanto, en este estudio, hemos desarrollado una nueva versión de WinBEST-KIT que permite a los usuarios (1) utilizar símbolos de acceso directo que pueden disponerse con múltiples reactantes que tienen el mismo nombre pero con coeficientes estequiométricos únicos, proporcionando así un diseño similar a las vías metabólicas representadas en los libros de bioquímica; (2) crear capas que dividen las vías metabólicas a gran escala y complicadas según sus roles específicos; (3) conectar las capas mediante el uso de símbolos de acceso directo; y (4) analizar las interacciones entre estas capas. Estas características nuevas y existentes permiten a los usuarios crear y analizar eficientemente vías metabólicas de múltiples capas. Además, WinBEST-KIT soporta SBML, lo que permite a los usuarios utilizar estas características nuevas y existentes para crear y publicar modelos SBML.
Autores: Sekiguchi, Tatsuya; Hamada, Hiroyuki; Okamoto, Masahiro
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Disponible con Suscripción Virtualpro
Artículo científico
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 13
Citaciones: Sin citaciones
Este documento es un artículo elaborado por Tatsuya Sekiguchi, Hiroyuki Hamada y Masahiro Okamoto para la revista Bioengineering, Vol. 8, Núm. 8. Publicación de MDPI. Contacto: bioengineering@mdpi.com
Anteriormente desarrollamos el simulador de reacciones bioquímicas WinBEST-KIT. En los últimos años, el interés de investigación ha pasado del análisis de reacciones bioquímicas individuales al análisis de vías metabólicas como sistemas. Estas vías metabólicas a gran escala y complicadas pueden considerarse como estructuras características de múltiples capas, que, por conveniencia, se separan de los sistemas biológicos completos según sus roles específicos. Estas vías incluyen reactantes que tienen el mismo nombre pero con coeficientes estequiométricos únicos dispuestos en muchos lugares diferentes y conectados entre capas arbitrarias. Por lo tanto, en este estudio, hemos desarrollado una nueva versión de WinBEST-KIT que permite a los usuarios (1) utilizar símbolos de acceso directo que pueden disponerse con múltiples reactantes que tienen el mismo nombre pero con coeficientes estequiométricos únicos, proporcionando así un diseño similar a las vías metabólicas representadas en los libros de bioquímica; (2) crear capas que dividen las vías metabólicas a gran escala y complicadas según sus roles específicos; (3) conectar las capas mediante el uso de símbolos de acceso directo; y (4) analizar las interacciones entre estas capas. Estas características nuevas y existentes permiten a los usuarios crear y analizar eficientemente vías metabólicas de múltiples capas. Además, WinBEST-KIT soporta SBML, lo que permite a los usuarios utilizar estas características nuevas y existentes para crear y publicar modelos SBML.
Descripción
Anteriormente desarrollamos el simulador de reacciones bioquímicas WinBEST-KIT. En los últimos años, el interés de investigación ha pasado del análisis de reacciones bioquímicas individuales al análisis de vías metabólicas como sistemas. Estas vías metabólicas a gran escala y complicadas pueden considerarse como estructuras características de múltiples capas, que, por conveniencia, se separan de los sistemas biológicos completos según sus roles específicos. Estas vías incluyen reactantes que tienen el mismo nombre pero con coeficientes estequiométricos únicos dispuestos en muchos lugares diferentes y conectados entre capas arbitrarias. Por lo tanto, en este estudio, hemos desarrollado una nueva versión de WinBEST-KIT que permite a los usuarios (1) utilizar símbolos de acceso directo que pueden disponerse con múltiples reactantes que tienen el mismo nombre pero con coeficientes estequiométricos únicos, proporcionando así un diseño similar a las vías metabólicas representadas en los libros de bioquímica; (2) crear capas que dividen las vías metabólicas a gran escala y complicadas según sus roles específicos; (3) conectar las capas mediante el uso de símbolos de acceso directo; y (4) analizar las interacciones entre estas capas. Estas características nuevas y existentes permiten a los usuarios crear y analizar eficientemente vías metabólicas de múltiples capas. Además, WinBEST-KIT soporta SBML, lo que permite a los usuarios utilizar estas características nuevas y existentes para crear y publicar modelos SBML.