La embriogénesis somática (ES) es una estrategia crucial para la regeneración in vitro en plantas leñosas, sin embargo, su eficiencia se ve afectada por múltiples factores y los mecanismos regulatorios subyacentes siguen siendo insuficientemente comprendidos. En este estudio, se trataron tejidos de callo de dos genotipos que involucran diferentes combinaciones híbridas, ON-LoS y TN-LoS, con diferentes concentraciones (0, 0.005, 0.01, 0.05 mg/L) de zeatina exógena (ZT) para evaluar su efecto regulador en la ES. El tratamiento con 0.01 mg/L de ZT promovió significativamente la ES en ON-LoS pero la suprimió en TN-LoS, lo que indica que la ZT provocó efectos regulatorios divergentes en la ES entre los dos genotipos. Para explorar la base molecular de esta divergencia, se realizó un análisis de transcriptoma en la etapa temprana de la ES. Los genes diferencialmente expresados (GDE) se enriquecieron significativamente en la señalización hormonal, particularmente en las vías de señalización de citoquinina (CK) y brasinosteroides (BR), así como en vías biosintéticas y relacionadas con el redox. En particular, dado el papel establecido del gen relacionado con el ciclo celular en la promoción de la división celular, fue notablemente regulado al alza por ZT en ON-LoS pero regulado a la baja en TN-LoS. Estos resultados indican que la ZT regula la eficiencia de la ES a través de la modulación diferencial de la expresión en genotipos distintos. Este estudio mejora nuestra comprensión de la base molecular de la regulación de la ES y ofrece un marco teórico para mejorar la eficiencia de regeneración en plantas leñosas.